VitisのアプリをFPGAの実機を使ってデバッグする場合、VivaoのFlow Navigator/PROGRAM AND DEBUGでHardware Managerを開き、ロジックアナライザのトリガー設定などを行ってからVitisでアプリケーションを実行します。
この時、Vitisのアプリを実行でbitstreamを再ロードしないようにしないとうまく動作しません。具体的には、VitisでRun Configurationsを開き、TargetSetupのPogram FPGAのチェックをOFFにする必要があります。